一是正确认识支付清算权与货币经营权的关系，坚定改革的信念。支付清算系统与货币经营系统分离的实质是支付清算权与货币经营权分离。就我国的现实情况看，在允许银行业竞争的条件下，两权分离是必然的选择。如果不能改变国有商业银行两权合一的既成事实，即使中央银行修成了“安全、稳定、高效运行”的支付清算之“路”，也难以改变我国支付环境分割的局面，难以对国有商业银行进行有效的监管。进行支付清算权与贷币经营权的分离会遇到很大的阻力，因此，必须有坚定的信念和足够的信心克服各种阻力，并要认真细致地研究两权分离的方法、措施和步骤。
二是正确认识支付清算制度改革与国有商业银行改革的关系，抓住改革的时机。有人认为，与经济和金融相比，支付清算体系的建设和发展是第二位的，理由是我国正处在新、旧体制的交替过程中，金融体制尚未定型，支付清算系统的最终形式将随金融体制的最终形成而确定。这种理由值得磋商。相反，正因为金融体制改革进入攻坚阶段，应当尽快实现支付清算系统与货币经营系统的分离，建立独立、安全、高效运行的支付清算系统。如前所述，支付清算系统对商业银行的过分依赖将难以避免个别银行的风险演变为系统性风险。因此，支付清算体系的改革不仅仅是解决商业银行的内部清算问题和公平竞争问题，而且是与整个经济发展相适应的货币流通稳定的战略问题，支付清算制度改革应当优先于国有商业银行改革。
2000年各银行的“资金汇划”大集中可以说是进一步强化了各支付清算系统与中央银行支付清算系统的分离程度，使中央银行对国有商行的监管难度更大。而此次对支付清算系统的改革又面临着商业银行的股份制改造。如果说目前国有商业银行作为国有金资银行，国家对其尚有分割、组合的权利，那么，还有最后一次机会对商业银行实行两权分离（其他商业银行的两权从开始就是分离的）。一旦国有商业银行完成股份制改造，尽管国家仍是大股东，其任何重大决定都必须征得其他股东的一致同意，而支付清算权的巨额经济利益的诱惑不会促使其他股东做出不经济的选择。不仅如此，如果允许商业银行自成清算体系，各类证券公司、国债交易、外汇交易、同业资金拆借市场等都面临着大量的资金汇划和清算问题，也会形成自己的清算体系，那么，改变中国经济分割而治的状况将变得遥遥无期。因此，能否抓住这次机会将直接关系到支付清算系统改革的最终成败。
三是正确认识中央银行与商业银行支付清算竞争的关系，摆正各自的位置。中央银行与其他银行，特别是四大商业银行的协调配合是支付清算系统改革遇到的难题之一。从目前来看，受资金、技术、专业人员素质和世界银行贷款项目管理程序的限制，中央银行电子联行系统与中国现代化支付系统的建设进度，滞后于四大国有商业银行联行系统的开发进度，而可观的实际利益在相当程度上限制了他们放弃联行清算体系，加入中央银行支付清算系统或其他清算银行的积极性。相反，市场竞争的压力迫使其投入巨资改善自己的信息处理基础设施，以便继续保持支付清算的主动性。实际上，国有商业银行既有人、财、物规模，也具备快速发展的实力，四大银行之间、各行与中央银行之间在支付清算系统建设上的竞争从来就没有停止过（中央银行的竞争意识相对较弱，但与商业银行争业务的现象还是存在的）。但是，应当清醒地看到，这种竞争不一定有利于资源的优化配置和清算的安全、快捷。相反，五大系统的轮番竞争不仅导致设备重置、资源不能共享，而且人为增加支付清算成本，限制清算体系整体效率的发挥，这种状况不能再继续下去了。
从中央银行而言，掌握全国金融机构间资金清算的主动权有利于加强金融监管，提高制定货币政策的主动性、准确性及其实施效果，但不排除将银行间的结算委托给其他非盈利性或盈利性清算组织，也会收到同样的效果。世界上不同国家采用不同的清算银行形式不乏这方面的例子。1997年在中央银行清算总中心的基础上，以中央银行牵头，各政策性银行和商业银行组成的会员制单位——金融清算总中心的成立标志着中央银行建设支付清算系统的观念和目标有所转变，即从效率型转向风险控制兼顾效率型，进一步将货币发行业务与贷币经营业务分离开来，致力于中国现代化支付清算体系的建设。但金融清算总中心仍然是与四大商业银行联行清算系统平行发展的清算系统。从长期看，中央银行应逐步退出支付清算系统的直接经营，使支付清算系统的经营者专营“效率”，这样不仅不会损失效率，还会使中央银行以超脱的身份对包括金融清算总中心在内的整个金融体系实施更加客观、中立、有效的金融监管，从而更有利于中国金融体系的长期稳定发展。
从国有商业银行而言，应当清醒地看到，庞大的联行清算体系在提高了资金调遣能力的同时，也积累和掩盖了巨大的本系统风险。犹如前苏联与美国的军备竞赛一样，在支付清算系统上的过度竞争可能导致没有足够的资金开拓信用市场和中间业务，要将更多的现金结算纳入银行转账结算的范围中来，而这些才是商业银行真正的利益之源。因此，在公平的条件下放弃对支付清算系统的经营和垄断会使得本系统的经营建立在更加稳健的基础之上。从金融监管的客观要求看，支付清算系统与贷币经营系统的分离也是必然的趋势，商业银行应当审时度势，早作打算。
总之，中央银行与国有商业银行放弃相互间在支付清算系统上的竞争具有一致的长期利益，这是各方合作的基础。也只有中央银行与商业银行、商业银行之间的协调合作，才有可能真正实现支付清算系统与货币经营系统的分离，建立起符合市场经济健康发展要求的支付清算系统。