由于利率市场化赋予金融机构对信贷的定价权和配置权，在体制不明确、结构不健全的情况下，利率市场化难以达到优化信贷配置效率，促进经济增长的结果，反而由于信贷权力的扩大，可能导致信贷风险增加，配置效率低下的经济后果。
（四）对信用社监管体系尚不成熟
成熟的监管体系由央行的监管、金融机构内部控制制度和市场约束三者有机构成，缺一不可。但对农村信用社而言此三者目前均有严重缺陷。当前的监管体制强调央行的监管，但人行监管仅停留在合规性监管上，侧重于对是否违法违规的监管，缺乏对经营风险的监管，缺乏早期预警制度。农信社内部的激励制度和内控制度建立和落实还处于很初级的阶段。市场约束机制不健全主要表现在金融机构对外信息披露制度不健全，透明度不高，因此存款人和其它债权人很难及时、准确地发现经营中的问题，从而难以通过存款转移和提高其融资利率来制约金融机构。
监管体系尚不成熟还表现在缺乏存款保险制度，实际上，存款保险制度能够保证货币当局对问题金融机构的处理能力，从而做到迅速、有效地保证经济中的流动性，防止金融恐慌的传播，因此是防范问题信用社支付风险扩散的有效防线。而缺乏存款保险制度导致货币当局在处理问题机构时要受到财政的制约：一方面受到财政情况的制约，另一方面受到财政决策程序的影响，从而降低问题机构的处理速度和效率。
（五）农村信用社在农村市场中垄断程度高
过去多年，农村融资渠道主要有中国农业银行等各国有商业银行、农业发展银行、农村信用社、城市信用社、农村合作基金会、民间借贷等。最近几年，各国有商业银行强调加强统一法人管理，在撤并机构、上收贷款权和财务权等方面采取了一系列措施，县及县以下分支机构减少，县域尤其是经济相对落后地区贷款份额相对下降，但存款机构仍然存在，存款被层层集中；农业发展银行由于加强了收购资金封闭管理，同时由于停止了农村经济开发等几十种专项贷款，资金使用量大大减少；清理整顿农村基金会、城市信用社政策的陆续实施也基本上宣告了地方政府直接参与金融资源竞争活动的终结；国家对民间借贷又采取了一贯的限制政策；目前农村信用社在很多地区事实上成为唯一的金融机构，垄断了对农户的贷款和部分垄断了对个体工商户的贷款。金融业在垄断的情况下，难以形成竞争性均衡市场利率，因为一方面垄断机构有可能制定高额的垄断利率，另一方面又可能降低利率以夺取市场份额。
二、利率市场化对农村信用社可能带来的冲击
利率放开对农村信用社有利主要有三个方面，一是有利于农村信用社的存贷款规模的扩大，尤其是农村信用社的利率放开比商业银行先走一步，这对于农村信用社的发展十分重要也十分有利；二是农村信用社的经营灵活性将进一步增强，有利于农村信用社进一步发挥利率的杠杆作用，拓展其各项业务；三是在各项政策到位的情况下，有利于农村信用社服务宗旨的落实，同样也有利于风险的防范。但冲击和负面影响更需要引起我们的重视。
（一）存贷款利差在市场化初期经历短暂扩大后，逐渐趋于缩小
国际上，利率市场化后商业银行存贷款净利差收益减少。在当时英、法、德等国的商业银行资产负债结构中，存贷款还占有主要的比重，在利率市场化条件下，商业银行因存款成本的上升、贷款收益的减少等因素，造成存贷款净利息收益的减少。60—70年代期间，商业银行存贷利差由4％左右下降至3％甚至接近2％。
在我国，银行类金融机构主要业务是吸收存款、发放贷款，存贷款利率差是其利润的主要来源（平均占95％以上），而从发达国家银行业的利润结构看，一般存贷款利差只占收人60％左右，甚至有的银行存贷款利差收入小于总收入的50％。利率市场化后商业银行具有了对存贷款利率的完全决定权，由于货币资金的同质性，使资金在不同银行间转移非常容易，金融领域的竞争尤其是存贷款市场的竞争会比产业领域的竞争更加激烈。存贷款市场的适度竞争，有利于提高商业银行的金融服务水平，有利于降低企业的融资成本，有利于提高信贷资金的使用效率；但是，竞争势必缩小商业银行存贷款利差，降低其盈利能力，使商业银行面临整体利差缩小和经营困难的局面。
农村信用社率先实现利率市场化，会提高存款利率以吸引更多资金，然后以更多点数提高贷款利率以营取利润，存贷款利差扩大。但面对国有商业银行和民间借贷的优势竞争，农村信用社贷款利率提高受到较大的牵制，在出现部分优质客户流失后必然要将贷款利率适当下调，利差回落。
（二）有可能出现大面积流动性问题
从国际经验来看，利率市场化后，商业银行间在存款和贷款领域的竞争加剧，部分金融机构由于竞争能力差而导致亏损或破产。大银行在竞争中相对具有优势，中小银行居于劣势地位。大银行由于资金实力较为雄厚、经营管理水平较高，它们通过规模经济较好地消化了资金成本上升的压力，并通过金融创新开辟了新的收益渠道。而一些小银行却由于资金实力较小或经营管理能力较弱，在竞争的压力下趋于以高成本吸收负债，为谋求高收益而进行高风险放贷或进行投机。例如在美国、法国利率市场化过程中，一些小银行为了生存，在存贷利差缩小的情况下，从事高风险的外汇投机买卖或其他投机业务，最终导致亏损，直至破产或被兼并；一些金融机构特别是一些经营规模较小的银行盲目地高息揽存，大幅增加负债，然后以中长期形式运用到风险甚高、投机味较浓的地产和证券行业中去。结果，这些机构因经营不善，造成存贷款利率团挂，从而造成亏损甚至破产。
我国农村信用社是小法人机构，整体不良资产占比高达60％左右（2001年），且内部激励制约机制不健全，利率市场化后更易于贷款组合风险过分集中，资金来源和运用期限错配问题，从而导致大面积的流动性危机。
（三）贷款需求淡季资金闲置将更突出
农村信用社市场定位是“三农”贷款、个体工商户贷款和民营企业贷款，而这些贷款对象的资金需求有很强的季节性，每年春节后一段时间农村信用社资金会大量积压，利率市场化后存款利率会上升，存款量会明显增加，资金季节性积压问题必将更加突出，由此而形成的对利润的影响不可低估。
（四）农村信用社将不得不面对利率风险问题
银行的利率风险是在一定时期内由于利率的变化和资产负债期限不匹配而给商业银行带来的净利息收益损失的可能性。在利率市场化之后，市场上的利率水平随供求、经济情况和许多因素发生频繁而剧烈的波动。同时，利率市场化以后银行类金融机构将