90年代初开始的农村各种达标活动，使农民背上了沉重的负担，农民刚刚有所好转的状况，又陷入了困难之中。种田的比较收益减少，农民种田的积极性减弱，农业的投入也日益减少。农民负担日益增重之时，也是政府减轻农民负担的公共政策及法规不断出台之时：1990年《国务院关于切实减轻农民负担的通知》出台；1991年《农民承担费用和劳务管理条例》下发；1992年国办《关于进一步做好农民负担和劳务监督管理工作的通知》下发；1993年中办《关于减轻农民负担的紧急通知》下发；1993年中办《关于涉及农民负担项目审核处理意见的通知》下发。这一时期，农民负担的增长与中央减轻农民负担的政策是同时进行的，农民负担也与政策俱增。
2．第二个历史时期（1994年--今）
农民负担进入第二个历史时期的标志是1994年进行的分税制改革。
1993年12月25日，国务院通过了《关于实行分税制财政管理体制的决定》，分税制改革从1994年1月1日开始实现。这一改革也有自己的弊端，这一弊端在乡镇表现得极为突出。乡镇财政从20世纪90年代开始暴露出一系列严重问题。分税制改革后，从中央到地方的财政状况有句俗语概括为："中央财政很好过，省级财政也好过，地市财政也能过，县乡财政没法过。"分税后，税费征收按先中央后地方，中央拿大头，地方拿小头；中央将一些优质税源收为直管，省市依次效仿，因此，中央、省市财政较为充足，而县乡财政非常紧张。乡镇财政赤字增加，乡镇作为基层政府运转失灵。要维护政府的运转，向农民转嫁负担成了唯一可行的选择，因此，农民负担节节攀升。
从2000年开始，中央在16个省市实现税费改革试点，其目的是通过将税费合一，成为正税，正税之外再无费，以刚性的正税，约束农民只交正税，同时也以刚性的正税约束政府及部门，不能在正税之外另收费。乡村税费改革一方面减少了乡村两级直接向农民收费的权力，另一方面减少了政策外财力，乡村财政收入迅速减少。税费改革止住了乱收费，但是乡村财政危机却日益严重，特别是乡村教育经费危机显现，乡村公共设施投入也捉襟见肘，如何维护农村政权的运转、农民教育的运行，都成了问题。农民负担和农村发展，陷入了困境。2004年1月，中央下发《中共中央国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》，成为改革开放以来中央的第六个一号文件。减轻农民负担进入了一个新的阶段，能否取得减轻负担的后果，需要解决的问题很多。
[NextPage] 二、减轻农民负担公共政策的主要内容
（一）控制并减少农民税赋
1．控制"三乱"
俗话说"头税（农业税）轻、二税（农业特产税）重、三税（各种收费）是个无底洞"。控制乱收费、乱罚款和乱摊派的"三乱"成了农村改革开放后政府的一项重要的任务。1985年的《关于制止向农民乱派款、乱收费的通知》指出上级机关和单位，下达的名目繁多的各种派款收费的决定，增加了农民负担，因此需要做到：严加控制"集资"、"赞助"、"捐献"等活动，更不准摊派指标；各级行政部门不得向农民摊派办公费、交通工具购置费、服装费。这一《通知》的目的是要控制上级政府和部门的各种"三乱"（乱收费、乱罚款、乱集资）①，这也是最早提出控制农业"三乱"的文献。
1990年2月3日，国务院又下发了《关于切实减轻农民负担的通知》，进一步明确农民合理负担的项目和使用范围，并明确规定农民负担的比例一般应控制在上一年人均纯收入的５％以内。这就为农民负担定了一个"高压线"，所有的摊派、收费和集资都不得触这一"高压线"。同年9月16日中共中央国务院联合下发了《关于坚决制止乱收费、乱罚款和各种摊派的决定》，首次概括出农业"三乱"这一名词，并使用了极为严厉的词语要求自觉防止和抵制"三乱"的滋生和发展。
1991年12月7日，国务院将农民负担通过《农民承担费用和劳务管理条例》这一行政法规的形式确定下来了。国务院用法规的形式正面确立了农民应该交的费用，也就从正面排除了非此收费就为"三乱"。这就给农民确定和抵制"三乱"提供了法律依据。
1993年3月19日中共中央办公厅、国务院办公厅又下发了《关于切实减轻农民负担的紧急通知》，关于村提留和乡统筹费必须严格控制在上年农民人均纯收入５％以内的规定继续执行外，其他涉及要农民负担费用的各种摊派、集资、达标活动和行政事业性收费，以及在农村建立各种基金等，不论是哪一级政府或哪一个部门制定的文件或规定，一律先停止执行，然后进行清理。
1994年中央实行分税制改革后，地方财政的压力增大，向农民伸手的事件日益增多。1996年12月中共中央、国务院再次发文《关于切实做好减轻农民负担工作的决定》强调有的地方"三乱"禁而不止，并且通过虚报农民收入超限额提取村提留乡统筹费，因此要坚决把农民承担的村提留乡统筹费和劳务全面控制在国家规定的限额之内，严禁面向农村的乱收费、乱集资、乱涨价、乱罚款和各种摊派，取消一切加重农民负担的达标升级活动。之后，又有中共中央1998年10月通过的《关于农业和农村工作若干问题的决定》，也一再提出制止"三乱"。
2000年中央开始在一些省份试行农村税费改革，即并费入税，税外无费。全面禁止一切税外之费。再一次从正面界定该收的，其余都是不该收的。
2．稳定正税
农业税、农业特产税和屠宰税这三种主要的"正税"，长期以来保持着稳定。农业税从58年以来一直没有变化，94年从农业税中分离出农业特产税，并开征了农田上的农业特产税。屠宰税也要求据实征收。从各地政策执行情况来看，正税基本上是稳定的，农民所反映的负担不在正税上，因为正税相对来说比较轻而稳定。
（二）确定农民应承担的劳务
改革开放初期，农民出人出工的现象比较少，90年代前后乡镇对于农民的用工需要增加，诸如水利工程的维修、公路铺石、公共设施建设都要求农民出工，有的地方甚至要求农民以币代劳。在农民的劳务和积累工越来越成为负担的时候，1991年国务院下发《农民承担费用和劳务管理条例》明确规定，农村义务工，主要用于植树造林、防汛、公路建勤、修缮校舍等；劳动积累工，主要用于农田水利基本建设和植树造林。
（三）精简机构和人员
精简机构和人员是减轻农民负担的重中之重，政府精简机构和人员的决心是非常大的，采取的政策也不少。十一届三中全会以后，每一次党的全国代表大会的文件决议都要提到精简机构和人员问题。为了解决农民负担问题，党中央和国务院从1985年下发的《关于制止向农民乱派款、乱收费的通知》开始，就要求"乡的党政干部只许减人不许增人。村干部人数过多的也应精简。"此后，一系列的减轻农民负担的文件，无不要求精简机构和人员。这些要求和政策在一定程度对于政府，特别是乡镇基层组织的规模起到了一定的作用。然而，精简机构和人员毕竟是一个系统工程，也是我国改革开放最令人头痛的问题，仅仅从减轻农民负担这个角度去精简，现在看来，是无法达到目的的。
（四）财政转移支付
财政转移支付是中央政府采取的财政措施。中央实现减轻农民负担以来，特别是部分试点实现税费改革以来，中央政财拿出很大一部分资金（2001年是100亿，2002年是200亿），用这些资金来解决因税费改革，带来农村税费减少而引发的财政缺口。
（五）限制农村公共产品的供给收费