“完成情况的评审并不完全以成败论英雄，基础科学的科学效益在很大程度上是不可预见的；如果工作态度认真，也培养了很好的人才，最后仍失败了，基金会是宽容这种失败的。基金会的宗旨是鼓励创新，宽容失败，为科学家创造一个宽松的科研环境”，吴善超说。
同时，自然科学基金委设有一个监督委员会，监督委员会成立于1998年，现有19名委员，都是科学家和管理专家，负责受理不端行为的投诉。1999～2002年共受理了155件关于各类不端行为的案例，最后查实的有44件，不端行为主要有四类：伪造数据7%，弄虚作假40%，剽窃34%，其他19%。第四类“其他”包括重复申请、假冒签名、虚报工作经历、夸大表述工作基础等。
2003年共收到科技工作者来函101件，其中匿名来函39件。投诉举报内容主要涉及以下方面：违反科学基金评审管理规定赠送礼金1件，违反科学基金项目或经费管理规定17件，发表论文抄袭剽窃17件；在申请书或结题报告中弄虚作假26件；发表论文一稿多投5件；专家评审不公16件；询问情况及建议8件；滥用科学基金经费2件；评审专家违反保密规定1件；受资助单位内部管理问题1件；其他7件。
对最后查实属实的，轻则警告、批评，重则取消其申请资格。针对2003年投诉，经调查核实，对有关人员或单位提出通报批评5件；提出内部通报批评2件；提醒注意学风问题2件；取消科学基金项目申请资格3件；撤销科学基金资助项目1件。
“很多人认为科技界因其专业性强而比较独特，外界无权评价，这使得科技界成为一个封闭的圈子，外界难知其详。然而科研也要讲科学道德，这在无论哪个领域都是共通的”，吴善超认为科技界有必要变得开放一些，接受外界的评价。
监督委员会也会受理项目经费使用不善的投诉，但委员会不负责财务审计，这点有别于美国国家科学基金会，美国审计总署在美国国家科学基金会设有分部。吴善超告诉记者，“我们接到此类投诉后，不能直接调查，而是报给其依托单位去查。”
另外，监督委员会开始试行派驻监督小组参加评审会，2004年组成了三个监督小组参加评审会，实地了解科学基金评审情况。
科技成果与人才的储蓄所
“因为自然科学基金会有很多面上项目，项目比较小，而基金委鼓励创新，且宽容失败，注重科研项目的潜力，很多知名科学家最初都是从这儿起步，然后再逐渐申请科技的973大项目，973有很多项目就是在基金会孕育的。”吴善超说，自然科学基金会就像一个成果和人才的储备所。
有人称，自然科学基金会是“用20%的经费，培养了基础科研近80%的成果”，吴善超不同意将科研成果如此量化，尽管事实上基金会的贡献确实有据可查。
2003年中国科技人员在国际权威的《科学》(Science)、《自然》(Nature)发表论文43篇，其中17篇(Science 9篇、Nature 8篇)论文标注曾受过科学基金资助，29篇论文作者曾受过科学基金资助，占总发表论文篇数的67??4%。