“所有的评审都完全依靠专家，是否立项、该拨多少数额的经费，都由专家决定，基金委相当于一个组织与执行机构，工作人员不干预评审。”国家自然科学基金委监督委员会吴善超处长对《中国新闻周刊》说，这是依靠科学家民主管理的机制。
而参加评审的专家都由基金委各科学部来挑选。基金委计划局田起宏向《中国新闻周刊》介绍说：“现在各个科学部不管是主任还是副主任都是院士，此前都是科研领域一线来的。陈宜瑜主任是中科院过来的。主管我们的朱道本副主任，原来是化学所的所长。从分工来说，也基本上是因专业背景决定的。一般基金的工作人员，同样不是从行政部门过来的，本身都是科研工作者。”
评审专家每两年更换一次。这两年基金委引进了一些海外专家，他们与国内部门较少利益冲突关系，发言更为直率。
评审过程中采用评审回避制度，即项目申请人与评审专家背靠背，虽然实际上不可能完全做到匿名评审，但有一点是基金委保证的，即无论是同行评议还是专家评审会，申请人事前都不知道负责审议的是哪些专家。
除此之外，与申请人同一单位的专家不纳入评审专家之列，如有师生关系，也尽力回避。
饶毅曾经参与过一个神经医学方面的基金重点项目的评审。会评的专家中，其中有一个人可能认识被评者——饶毅发现，在讨论的时候他在帮申请人说话。但是专家说话也要用专家的观点，不能逾越标准。最后的结果，则是这个专家被更多的专家意见所改变，发表了与原来相反的专业意见。
申请项目的创新能力、经费预算，全由专家独立判断，那么各位专家是否都能尽职尽责呢？自然科学基金委已经开始加强专家信用管理建设，对专家的评估主要从两方面考察：一是评估专家是否认真负责，着眼于其评议的有效性；二是专家的判断力与预见性。
“如果一位专家在评审中不负责任，多次出现无效评议，这种情况一再发生，那这名专家的判断力与预见性就值得怀疑了”，吴善超说。
项目的动态管理与监督
立项之后，国家自然科学基金委与项目负责人签订项目合同，由财政部按年度进行拨款，经费直接拨至项目负责人依托单位，其单位负有管理与监督的责任，项目经费的5%划作该单位的管理费。
每个项目每年都要向基金委递交一份年度报告，报告其项目进展及经费管理情况。
重大项目每年至少召集一次学术交流和工作协调会议，负责向科学部报送项目研究工作年度报告、项目所属课题年度进展报告、项目中期进展报告、中期经费执行情况报告、项目及课题结题报告等。
年度报告出现问题的，将得不到延续资助拨款。