相对较为独立、所受行政干扰较少、评审较为公正，保证了国家自然科学基金用20%的经费，推出了基础科研近80%的成果
科学家们在批评中国目前的科技经费掌控体制——主要以科技部为代表时，往往会提及一个相对较为独立、所受行政干扰较少、评审较为公正的组织，即国家自然科学基金委员会。
在原中国科学院基金局的基础上，国家自然科学基金委员会于1986年2月成立，负责管理国家自然科学基金，以基础研究和自由探索为主，系国务院直属事业单位。最初暂挂靠科技部，2000年独立出来。
它的资金来源主要是中央财政科学事业费预算拨款，和一小部分社会捐助。去年财政批了22个亿，约占全国基础科研投入的20%。
科技部中国科技促进发展研究中心柳卸林博士对国家自然科学基金会予以了肯定，“科技部推出的是‘课题组长负责制’，而自然科学基金是由‘同行评议’来决定。自然科学基金的管理人员，权力比较有限，主要是专家意见说了算，科学家有自主权，匿名评审，也比较公平，看不到很多官僚的作用。”
国家自然科学基金委是按照美国国家科学基金会的科学基金制模式运作的，即依靠科学家、尊重科学自主性的民主管理机制，与“平等竞争、激励创新”的运行机制。有人说，它是“用20%的经费，推出了基础科研近80%的成果”。
那么它的实际运作情况怎么样？在立项、评审及监督管理方面又有怎样的不同？
自下而上的立项与背靠背评审
与科技部先立计划的立项方式不一样，国家自然科学基金会采取的是自下而上的模式，由科研人员自主申报，再进行评审立项，鼓励自由探索。
自然科学基金面向全国的高等院校和科研机构，主要资助自然科学基础研究和部分应用研究。每年的3月31日截止项目申请，5月到6月由专家在线评审，9月公布最后评审结果，当年底进行第一次拨款。
2003年自然科学基金委共收到4万多件申请，经过评议、评审，最后约8000个项目得到资助，资助率为20%左右。
基金项目的评审一般按照初审、同行专家评议、专家评审组或专业委员会评审的程序进行。
在《国家自然科学管理规定》中，把“依靠专家、发扬民主、择优支持、公正合理”定为基金项目的评审原则，而其中又把“依靠专家”放在第一位的位置，用邹承鲁的话说，就是“科学家管理科学的事情”。