一、基本原则
以收定支，收支平衡，略有节余；以住院补偿为主、兼顾受益面；相对统一，分类指导，尽力保障，规范运行；正确引导病人流向，合理利用基层卫生资源。
二、基金用途和管理
新农合基金只能用于参合农民医疗费用补偿，不得用于应由政府提供专项资金的计划免疫、预防保健、健康教育等公共卫生服务的补偿，不得用于经办机构的工作经费。
新农合基金2008年按参合农民每人每年90元标准筹集（各级财政补助80元，农民缴纳10元），2009年达到100元（各级财政补助80元，农民缴纳20元），2010年至2012年分别达到110元、120元、130元（农民每年缴纳20元，其余由各级财政补助）。
基金分三大类：风险基金、大病统筹基金、门诊补偿基金。
（一）风险基金。风险基金是从基金中提取的专项储备资金。风险基金原则上保持在各县（区）当年基金总额的10%。提取后，由省级财政代为管理，用于防范各县新农合运行中的基金支出风险。
（二）大病（住院）统筹基金。大病统筹基金是用于补偿参合农民住院医药费用和门诊慢性病医药费用的基金。
（三）门诊补偿基金。门诊补偿基金是用于参合农民的门诊医药费用支出、住院医药费用自付部分及健康体检费用的补偿。门诊统筹补偿根据工作进展适时启动。
基金管理按照《财政部、卫生部关于印发新型农村合作医疗基金财务制度的通知》（财社〔2008〕8号）和《陕西省财政厅、卫生厅关于印发新型农村合作医疗基金会计核算办法的通知》（陕财办社〔2004〕87号）执行，由县级财政部门负责。基金使用由县级合疗管理经办部门负责。基金拨付实行“三户、两印、单向”的封闭管理制度。
三、补偿模式
全市统一实行“住院补偿+慢性病补偿+门诊补偿”的模式。
四、住院补偿
（一）全县乡镇卫生院起付线统一为100元，报销比例统一为纳入报销范围费用扣除起付线后按75%报销。
（二）县医院、中医院、妇幼保健站、林业局职工医院起付线统一为200元，报销比例统一为纳入报销范围费用扣除起付线后按60%报销。其中：在县级医疗机构住院费用在600元（含600元）以下，起付线为100元，报销比例为纳入报销范围费用扣除起付线后按60%报销。
（三）市级定点医疗机构三级医院起付线为800元，二级医院起付线为600元（市康复医院为300元），报销比例统一为纳入报销范围费用扣除起付线后按35%报销。
（四）省级定点医疗机构报销起付线统一为1200元，报销比例为纳入报销范围费用扣除起付线后按30%报销。
（五）补偿封顶线每户每年1万元，特殊病种（恶性肿瘤、白血病）每户每年1.5万元。
（六）因急诊在市境外住院及外出打工住院者，住院总费用下调20%后，剩余80％费用按以上规定的同级定点医院补偿标准执行。
（七）参合农民本人因患肿瘤（需放、化疗的）、白血病、尿毒症（需要透析的）疾病，一年内多次在同一定点医院住院，只扣除一次起付线进行补偿。
（八）住院单病种定额补偿。
1、全市按乡镇卫生院，县区妇幼保健院及二级以下厂矿医院、专科医院、民营医院，县区医院、中医医院及二级厂矿医院