“十五”期间，全州畜牧渔业取得了一定的成就，但仍然面临着诸多困难和问题，制约着畜牧渔业的发展。主要是：
1．畜牧渔业基础薄弱，小而分散，形不成规模，难以适应畜牧渔业现代经济发展的要求。全州畜牧渔业生产仍以千家万户养殖为主，面广量大，普遍存在畜禽混养，卫生标准偏低，因陋就简的现象。畜牧渔业生产集约化、规模化水平较低，以小生产为主要特征。
2．全州畜牧渔业相对于热带经济作物仍处于劣势地位。可供全州农民选择的经济作物比较多，畜牧渔业生产仅成为农村家庭副业。把畜牧渔业作为家庭主导产业的农户较少，专业或主业从事畜牧渔业的农户少，缺少专营畜牧渔业且具有一定规模和上档次的企业。在畜牧渔业产品的生产、加工、储运、销售等环节上基本未形成具有一定规模和实力的龙头企业，对产业发展难起示范带动作用。
3．动物疫病防控形势严峻。近年来，我国及周边国家高致病性禽流感等重大动物疫病呈多发、频发趋势，对畜牧业生产构成了严重威胁。一些地区潜在疫情突出，防控能力较薄弱，应急预案不完善，防疫体系不健全，防疫队伍不稳定，防疫经费难落实。西双版纳州东南与老挝相连，西南与缅甸接壤，国境线长966.3公里，有磨憨口岸、景洪港两个国家级口岸和打洛省级口岸，澜沧江·湄公河与老、缅、泰、越、柬水路相连，边民互市活跃，全州重大动物疫病的防控受到来自国内和国外双重压力，在某种程度上直接影响着全州畜牧业的发展。
4．市场体系不健全，社会化服务体系不完善。截止“十五”期末，全州除勐遮有一个较大的牲畜交易市场外，3县市近年来虽建了几个牲畜交易市场，但因服务功能不全，小而分散，中介组织少，牲畜交易市场长期处于有场无市。鲜活水产品除在县市乡农贸市场水产摊位销售外，无水产品专业市场。
二、发展环境和条件分析
（一）发展环境分析
1．全球经济一体化趋势日益加快，我国入世过渡期结束，有利于全州发展开放型经济，特别是在提高畜牧渔业生产水平和产业化程度，发展畜牧渔业产品加工方面有较大的发展空间。
2．大湄公河次区域合作，有利于西双版纳州扩大对东南亚的开放。随着中国——东盟经贸合作不断加快，澜沧江·湄公河次区域合作正在成为国内外企业投资的热点。昆曼国际大通道建设的推进，将使西双版纳州成为云南对外开放的重要通道和窗口，与国内外市场的联系将更加密切，扩大对外开放的条件更加有利。
3．建设社会主义新农村的重大决策和部署为畜牧渔业经济发展带来了新的机遇。党中央提出了建设社会主义新农村的重大历史任务，更加明确了农业和农村经济发展的方向、目标和任务，使解决“三农”问题真正成为全社会的共同任务。这必将进一步激发和调动广大农民的积极性和创造性，推动畜牧渔业经济又好又快地发展。
4．农民收入持续增长。2005年农民人均纯收入达到2172元，比2000年1742元增加430元。近年来，由于粮、胶、糖、茶价格持续上涨，农民增收渠道进一步拓宽，收入构成发生积极变化，农民收入明显提高。农村教育、文化、医疗、卫生事业进一步发展。农民生活环境和农村基础设施得到进一步改善。
5．农业和农村经济政策取得重大突破。州委、州政府把解决好“三农”问题作为经济工作的重中之重，坚决贯彻中央取消农业税、农产品特产税、落实粮食直补等惠民政策；《物权法》的颁布和实施，依法赋予农民长期稳定的农村土地使用权；土地经营权流转的管理措施，鼓励土地经营权的合理流转，切实保障土地实际经营者的合法权益。农业政策的重大突破，极大地调动了广大农民的种养积极性，促进了农业产业化经营的主要农产品产量的增加，使全州农业生产稳步增长。